En 1534, François-Xavier prononce ses voeux à Montmartre et en 1537, il est ordonné prêtre, à Venise. Et en 1538, il prend part à la fondation de la Compagnie de Jésus (les Jésuites), avec 5 autres compagnons.

A la demande du pape Paul III, François-Xavier part en Asie pour rejoindre les comptoirs installés par les Portugais. Après une longue et pénible traversée, il arrive à Goa en 1542. Il y rejoint les populations pauvres de la région, particulièrement les pêcheurs de perle auxquels il annonce l’Evangile, et auprès desquels il traduit les textes bibliques et baptise… La fougue missionnaire du jésuite le conduit bientôt à Malacca puis sur l’île du More, où il risque de mourir en martyr. En 1547, il entend parler pour la première fois du Japon. C’est là qu’il décide de poursuivre sa mission, ayant la conviction intime que Dieu le veut là. Après un périple difficile où il devra résister aux tempêtes et aux risques de mutineries, le missionnaire arrive au Japon.
Une seule chose compte pour lui : annoncer le Christ à ce peuple riche d’une vieille culture, enraciné dans un bouddhisme dominant. Il doit pour cela apprendre le japonais et se rapprocher des hommes qui possèdent le pouvoir, notamment l’empereur. Beaucoup de japonais se convertissent et fort de son succès, François-Xavier veut désormais évangéliser la Chine, ce qui reste un voeu pieu, puisqu’il meurt en 1552, à Malacca, épuisé par la mission. C’est en 1622 qu’il fut canonisé par Grégoire XV.