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Como algunas otras series de la década de los años 1980, ThunderCats tenía una estructura simple y predecible. Ofrecía largas batallas entre el bien (ThunderCats) y el mal (Mutantes) situándolos en un ambiente que combinaba alta tecnología y combate cuerpo a cuerpo. Los ThunderCats eran humanoides con distintas apariencias, y por cierto, habilidades felinas; mientras los Mutantes eran etiquetados como criaturas maléficas y un tanto oscuras.

Dentro de la mayoría de la serie, la acción se situaba en el planeta llamado el Tercer Planeta. Elementos similares a los de la cultura “Egipcia”, tales como jeroglíficos y otras referencias indicaban que el Tercer Planeta era nuestro propio planeta, la Tierra, en un futuro distante, siendo la más obvia que la Tierra es el tercer planeta del sistema solar de acuerdo a la cercanía de su orbita con el sol.

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Ambos bandos, ThunderCats y Mutantes, no eran nativos, los ThunderCats llegaron ahí cuando su planetaThundera fue destruido de forma similar a como lo fuera Kryptón, planeta natal de Superman. Los Mutantes provenían del planeta Plunn Darr. Cuando los habitantes de Thundera supieron que su planeta sería destruido, organizaron el escape en naves, que fueron destruidas en el intento de los Mutantes por apoderarse de la Espada del Augurio, y por ende del Ojo de Thundera. Así fue que la nave nodriza (que transportaba la espada y a los Thundercats nobles) recibió un impacto menor que solo dañaría parte de la coraza y el robot piloto, lo que permitió que los nobles que custodiaban al infante Lord hereditario de los ThunderCats, y este mismo, sobrevivieran. Sin embargo, en el curso del viaje al Tercer Planeta, Jaga, el más viejo de todos, decide sacrificarse en un acto heroico para salvar al resto de los thundercats pilotando la nave espacial (en lugar del fallido robot piloto) que los transportaba desde Thundera hasta el límite máximo de su resistencia, para así llegar al tercer planeta. El viaje temporal sería de unos 10 años luz.